国際交流協定（大学間、本センターが関係部局となっているもの）2020年10月1日現在
| 国・地域名 | 協定大学名（所在地） | 締結年月日 |
|---|---|---|
| 中華人民共和国 | 南開大学（天津） | 2006. 5.11 |
| カナダ | ブリティッシュ・コロンビア大学（バンクーバー） | 2008. 6.29 |
| ロシア連邦 | ロシア科学アカデミー極東支部（ウラジオストク） | 2009. 7.23 |
| ロシア連邦 | イルクーツク大学（イルクーツク） | 2010. 3.30 |
| ドイツ | ミュンヘン工科大学（ミュンヘン） | 2010. 7. 6 |
| 中華人民共和国 | 西北農林科技大学（咸陽） | 2011.10.13 |
| フィンランド | 東フィンランド大学（ヨエンスー） | 2015. 2. 2 |
| 台湾 | 国立東華大学（寿豊郷） | 2017. 6. 7 |
| タイ王国 | タイ農業・協同組合省ー地理情報・宇宙技術開発機構（本センターとの３者間） | 2018.7.31 |
国際交流協定 （部局間）
| 国名 | 協定大学名（所在地） | 締結年月日 |
|---|---|---|
| 大韓民国 | 慶煕大学校生命科学大学（水原） | 2004. 2.25 |
| ロシア連邦 | ロシア科学アカデミーシベリア支部Ｖ．Ｎ．森林研究所（クラスノヤルスク） | 2005. 3.12 |
| 中華人民共和国 | 黒龍江省林業科学研究所（哈爾濱） | 2011.10.19 |
| エストニア共和国 | エストニア生命科学大学・農業環境科学研究所（タルトゥ） | 2018. 3.26 |
| 大韓民国 | 国立生態院（忠清南道） | 2018.11. 6 |
国内大学間連携協定
| 協定先 | 協定内容 | 締結年月日 |
|---|---|---|
| 和歌山大学 | 教育・研究・社会貢献などに関する包括的連携協定 | 2006. 8.31 |
| 東京農業大学 | 大学院水産科学研究院・大学院水産科学院・水産学部と本センターと東京農業大学生物産業学部との連携協定 | 2016.6.17 |
地域協定
| 協定先 | 協定内容 | 締結年月日 |
|---|---|---|
| 厚岸町 | 本センター厚岸臨海実験所との相互協力協定 | 2004. 5.28 |
| 余市町 | 本センター余市果樹園と農学研究院との三者相互協力協定 | 2009.10. 5 |
| 函館市 | 本センターと函館市の包括連携協定 | 2010. 7.13 |
| 様似町 | 本センターと様似町の包括連携協定 | 2011. 3. 7 |
| 中川町 | 本センターと中川町の包括連携協定（北管理部） | 2012.12.13 |
| 円山動物園 | 農学研究院・大学院農学院・農学部及び本センターと札幌市円山動物園の包括連携協定 | 2014. 9. 5 |
| (株)海遊館 | 本センター及び大学院水産科学研究院と株式会社海遊館との学術交流協定 | 2015.7.10 |
| 福島町 | 大学院水産科学研究院及び本センターと福島吉岡漁業協同組合並びに福島町との連携協定 | 2016.1.25 |
| 紋別市 | 大学院水産科学研究院と本センター及び紋別市との連携協定 | 2016.11.14 |
| 幌延町 | 本センターと幌延町との包括連携協定（天塩研究林） | 2017.1.20 |
| 古座川町 | 本センターと古座川町との包括連携協定（和歌山研究林） | 2017.1.20 |
地域協定（本センターが関係部局となっているもの）
| 協定先 | 協定内容 | 締結年月日 |
|---|---|---|
| JA北海道 | 本学とJAグループ北海道との包括連携協定 | 2017.10.30 |