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　本実験所は、1927年（昭和2年）に洞爺湖漁業協同組合が建設した姫鱒孵化場を1936年（昭和11年）に当時の函館高等水産学校に寄贈されたもので、1966年（昭和41年）に”北方域における魚類の増殖と陸水学的研究・実験及び実習”を目的として北海道大学水産学部附属洞爺湖臨湖実験所となり、2001年（平成13年）4月に北方生物圏フィールド科学センター洞爺臨湖実験所となった北方圏の国立水産系大学の臨湖実験所としては唯一の施設である。 　約1haの敷地内に、1974～1975年に建築された管理研究棟があり、学生実習室（40名使用可能）、生化学実験室、共通実験室、暗室等がある。1997年3月に最大8名宿泊可能な宿泊施設が設置された。

 

　養魚施設としては、孵化室（1927年建築、1999年改築）、FRP円形水槽（1976年設置：直径1.6m、16基）、Ｙ字水路（2000年設置：0.6×15m）、大型円形水槽（2000年設置：直径5m、3基）がある。飼育水としては北海道大学が所有する約0.5km²の水源涵養林からの湧水（40トン／時）を使用して、ヒメマス、サクラマス、ニジマスの各年級群を飼育している。また、2011年3月に洞爺湖と養魚施設の間に新たに全長40mの魚道が設置された。  舟艇 

　洞爺湖湖畔に、2隻収容可能な艇庫があり3艘の船を所持

　・　ドルフィンⅢ号：　FRP0.8トン、50馬力船外機、定員5名
　・　ポロモイ：　FRP1.15トン、15馬力船外機、定員5名
　・　モカリ：　FRP0.66トン、15馬力船外機、定員5名

 

 研究設備 

・　湖水観測用：　バンドン採水器、スミス・マッキンタイヤー採泥器、各種プランクトンネット、多項目水質計、電動ウィンチ（20kg×200m）。

・　実験用：　ドラフトチェンバー、クリーンベンチ、オートクレーブ、インキュベーター、蛍光分光光度計、分光光度計、小型冷蔵遠心機、各種光学顕微鏡（正立、倒立、実体）、製氷機，純水製造装置、マッフル炉、恒温器、電子天秤。