国内で唯一の寒流域に面する臨海実験所で、アマモ場や岩礁潮間帯などの主要な沿岸生物群集の変動や機能に関する研究を行っています。

実験所周辺には自然保護規制海域や天然記念物の海鳥繁殖地等があり、人間の手が入っていない豊かな生態系が広がっています。
実験所が面する厚岸湾・厚岸湖は、特別研究保護区やラムサール条約登録地として研究教育以外の活動が規制されており、野外研究に適した環境です。
さまざまな野外研究フィールドの場として、また実験用生物の供給サービスなども通じて、国内外の多数の大学・研究機関の利用があり、学術向上に貢献しています。

実験所では主に海洋生態学と発生生物学の教員が中心となって行われています。
生態学：厚岸湾・厚岸湖・別寒辺牛川水系に生息するさまざまな生物個体群・群集、および生態系を対象とした研究を行っています。
発生生物学：ヒトデやウニ卵を材料とした卵成熟、細胞分裂周期調節機構の研究や受精機構の研究を行っています。
北大理学部生物科学科の学生を対象にした臨海実習や、北大１年を対象にした一般教育演習などの講義が行われています。
全国の国公私立大学学生を対象とした単位互換制度に基づく公開臨海実習が行われています。