臼尻水産実験所は，1970 (昭和45)
年に北海道大学水産学部の附属施設として設置され，水産動植物学，動物行動学，海洋生態学，水産増殖学の研究・教育が行われてきました。2001年に北海道大学の生物系の附属施設を統合した教育研究組織である北方生物圏フィールド科学センターの設立に伴い，北海道大学北方生物圏フィールド科学センター臼尻水産実験所となりました。実験棟と宿泊棟からなり，実験棟は2019年に建て替えられました。
臼尻水産実験所は噴火湾の南東約40
km，函館市南茅部地域にあります。日本海を北上する対馬暖流／津軽暖流，道東から流れる寒流である親潮により，季節ごとに異なる海洋環境がみられます。水塊の混合や栄養塩類の流入が，春季の植物プランクトンの増殖を促し，様々な海洋生物やコンブをはじめとする水産資源を支えています。
臼尻水産実験所は，北海道大学の水産学部や全学対象の実習などを行っています。また，2016年より，北方生物圏フィールド科学センターの七飯淡水実験所・忍路臨海実験所とともに文部科学省の教育関係共同利用拠点として認定され，2025年度からは「食糧基地，北海道の水圏環境を学ぶ体験型教育共同利用拠点―特色ある水圏生態系の理解に基づく産業グローカルな視野の醸成―」として，全国の大学生や地域の方へ向けた海洋教育を行っています。
また，当実験所は，学内共同利用施設，教育関係共同利用拠点として，学内外の様々な研究者や学生の方の研究活動の拠点として利用されています。プランクトンから鯨類まで，生態学，生理学など多岐に亘る分野や，陸域生態系の調査拠点としても活用されています。
